Progettazione
di
una coppia di primer
per
la amplificazione della regione codificante
dell'mRNA
del
gene rps19 (ribosomal protein small 19)
SOFTWARE "Primer-BLAST" via web
Copiare la sequenza completa dell'mRNA di
interesse (banca dati Gene).
Incollarla nel programma Primer-BLAST
e far proporre al programma delle coppie di primer,
adatte ad amplificare la regione di interesse all'interno
dell'mRNA.
Delimitare eventualmente la regione di sequenza
intorno alla quale si devono disporre i primer,
inserendo le coordinate iniziali e finali della zona in cui il
programma cercherà una buona sequenza di primer.
Pulsante "Get Primers" per ottenere la
proposta di coppie di primer.
Parametri modificabili a piacere:
"Primer size"
(suggeriamo 22-26 basi di lunghezza ideale per ciascun primer).
"Products Size Ranges":
si possono modificare gli intervalli preferiti di lunghezza del
prodotto di amplificazione.
"Primer
GC content": idealmente, 50% (45-55%).
"GC Clamp":
numero di basi all'estremo 3´ che devono essere G o C.
"Max Self Complementarity":
numero di basi autocomplementari, idealmente non più di 5 (e 0
all'estremo 3´).
"Max Pair Complementarity":
numero di basi complementari tra i due primer, idealmente non
più di 5 (e 0 all'estremo 3´).
Ecc.
Verificare la specificità dei primer proposti confrontando
la sequenza di ciascun primer con tutte le sequenze note
(programma BLASTN).