Progettazione di una coppia di primer

per la amplificazione  della regione codificante dell'mRNA

del gene rps19 (ribosomal protein small 19)


SOFTWARE "Primer-BLAST" via web

Copiare la sequenza completa dell'mRNA di interesse (banca dati Gene).

Incollarla nel programma Primer-BLAST e far proporre al programma delle coppie di primer,
adatte ad amplificare la regione di interesse all'interno dell'mRNA.
 
Delimitare eventualmente la regione di sequenza intorno alla quale si devono disporre i primer,
inserendo le coordinate iniziali e finali della zona in cui il programma cercherà una buona sequenza di primer.

Pulsante "Get Primers" per ottenere la proposta di coppie di primer.

Parametri modificabili a piacere:
"Primer size" (suggeriamo 22-26 basi di lunghezza ideale per ciascun primer).
"Products Size Ranges": si possono modificare gli intervalli preferiti di lunghezza del prodotto di amplificazione.
"
Primer GC content": idealmente, 50% (45-55%).
"GC Clamp": numero di basi all'estremo 3´ che devono essere G o C.
"Max Self Complementarity": numero di basi autocomplementari, idealmente non più di 5 (e 0 all'estremo 3´).
"Max Pair Complementarity": numero di basi complementari tra i due primer, idealmente non più di 5 (e 0 all'estremo 3´).

Ecc.

Verificare
la specificità dei primer proposti confrontando la sequenza di ciascun primer con tutte le sequenze note
(programma BLASTN).