Profili di espressione genica globale in H. sapiens e differenziamento

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1. Microarray di DNA

Expression Profiling (l'accesso richiede le proprie credenziali @unibo.it)
Array Printer - MicroGrid II - Array Reader - GenePix 4000 (Axon)
Vetrino ibridato - Profili di espressione
NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
NCBI Gene
OMIM


 2. Mappa del trascrittoma della tiroide umana in toto

Human Thyroid

 Costruzione del profilo di espressione genica di riferimento della tiroide umana
Tessuti non tiroidei usati per lo studio della espressione genica differenziale

Studio della espressione genica differenziale di 26.750 loci (tiroide vs. tessuti non tiroidei = A vs. B).
Ad esempio, un rapporto A/B di 10 indica che l'RNA del gene è 10 volte più abbondante nella tiroide rispetto ai tessuti non tiroidei.
Ad esempio, un rapporto A/B di 0.1 indica che l'RNA del gene è 10 volte più abbondante nei tessuti non tiroidei rispetto alla tiroide.
Escludere dall'analisi i loci che iniziano con FLJ, Hs., LOC.

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni molto sovraespressi nella tiroide rispetto ai tessuti non tiroidei.
2.1 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota della tiroide (struttura e funzione)?
2.2 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni espressi allo stesso livello nella tiroide rispetto ai tessuti non tiroidei.
2.3 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota della tiroide e dei tessuti non tiroidei?
2.4 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni molto sottoespressi nella tiroide rispetto ai tessuti non tiroidei.
2.5 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota della tiroide (struttura e funzione)?
2.6 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?
    
2.7 In quest'altra lista sono riportati i livelli di espressione nella tiroide di 27.275 loci, in ordine decrescente di abbondanza del relativo RNA nella tiroide,
      senza il confronto con i tessuti non tiroidei.
      Quale tipo di geni risulta particolarmente rappresentato tra i geni che mostrano i più alti livelli di espressione?

2.8 Cercare nella banca dati NCBI Gene il simbolo genico di geni di vostro interesse, e verificarne il valore di espressione genica differenziale (tiroide vs. tessuti non tiroidei).

3. Mappa del trascrittoma del cuore umano in toto

Human Heart

 Costruzione del profilo di espressione genica di riferimento del cuore umano (l'accesso richiede le proprie credenziali @unibo.it).
Tessuti non cardiaci usati per lo studio della espressione genica differenziale

Studio della espressione genica differenziale di 34.887 loci (cuore vs. tessuti non cardiaci = A vs. B).
Ad esempio, un rapporto A/B di 10 indica che l'RNA del gene è 10 volte più abbondante nel cuore  rispetto ai tessuti non cardiaci.
Ad esempio, un rapporto A/B di 0.1 indica che l'RNA del gene è 10 volte più abbondante nei tessuti non cardiaci rispetto al cuore.
Escludere dall'analisi i loci che iniziano con FLJ, Hs., LOC.

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni molto sovraespressi nel cuore rispetto ai tessuti non cardiaci.
3.1 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota del muscolo cardiaco (struttura e funzione)?
3.2 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni espressi allo stesso livello nella tiroide rispetto ai tessuti non tiroidei.
3.3 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota del muscolo cardiaco e dei tessuti non cardiaci?
3.4 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?

Cercare nella banca dati NCBI Gene il "Gene name" (simbolo genico) di geni molto sottoespressi nel cuore rispetto ai tessuti non cardicai.
3.5 Le funzioni di questi geni sono coerenti con la biologia nota della tiroide (struttura e funzione)?
3.6 Cercando il simbolo di questi geni in OMIM, troviamo fenotipi associati a mutazioni di questi geni? Quali, ad esempio?
    
3.7 In quest'altra lista sono riportati i livelli di espressione nel cuore di 43.360 loci, in ordine decrescente di abbondanza del relativo RNA nel cuore,
      senza il confronto con i tessuti non cardiaci.
      Quale tipo di geni risulta particolarmente rappresentato tra i geni che mostrano i più alti livelli di espressione?

3.8 Cercare nella banca dati NCBI Gene il simbolo genico di geni di vostro interesse, e verificarne il valore di espressione genica differenziale (cuore vs. tessuti non cardiaci).

4. Fonti

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